LEGO® Marvel™ Super Heroes apresenta uma história original que atravessa todo o Universo Marvel. Os jogadores assumem o controle do Homem de Ferro, do Homem-Aranha, do Hulk, do Capitão América, do Wolverine e de muitos outros personagens da Marvel enquanto se unem para impedir que Loki e uma série de outros vilões da Marvel montem uma super arma capaz de destruir o mundo.